Al personale appartenente all'Ufficio Protocollo sono affidati tutti i compiti specifici e caratteristici dello stesso e, in particolare, si occupa del funzionamento del sistema di protocollo informatico, che attesta l'esistenza dei documenti all'interno dell'Amministrazione e garantisce la loro gestione coordinata con i procedimenti amministrativi.
Il servizio garantisce la ricezione, registrazione e smistamento da e verso gli uffici competenti della documentazione in entrate e uscita. Il registro di protocollo viene gestito con un sistema informatizzato e la documentazione viene distribuita, anche in formato cartaceo, agli uffici competenti.